Als die Fußball-Bundesliga ins Leben gerufen wurde, war der SC Preußen 06 Münster e. V. ein Gründungsmitglied dieser Liga. Der Verein selbst wurde 1906 gegründet, was auch aus seiner vollständigen Bezeichnung hervorgeht. Der sportliche Werdegang Preußen Münsters war von beträchtlichen Schwankungen geprägt. 1950/51 stand die Mannschaft im Endspiel zur Deutschen Meisterschaft und verlor erst im Finale gegen Kaiserslautern im Berliner Olympiastadion mit 1 – 2. Mitte der 50 er Jahre wurde der vierte Rang erspielt, ansonsten wurden gute Plätze im Mittelfeld errungen.

Auf ihrer Südamerikareise im Jahre 1962 errang Preußen Münster beachtliche Erfolge in Freundschaftsspielen. Gegen die Nationalteams Argentiniens und Chiles konnte man mit 2:1 und 3:0 gewinnen. So erfreulich die Aufnahme in die 1. Bundesliga war, so ernüchternder war das Abschneiden. Man musste nach einem Jahr wieder absteigen. Später in den 70 er Jahren bot sich für Preußen noch drei mal die Möglichkeit, wieder in das Oberhaus aufzusteigen, der Club verpasste jedoch leider den Aufstieg jeweils knapp.

In den nun folgenden Jahren war Preußen Münster immer im Spitzenfeld der Oberliga Westfalen zu finden. Im Jahr 1989 konnte der Verein jedoch durch ein 0:0 im letztlich entscheidenden Spiel gegen MSV Duisburg wieder zurück in die zweite Bundesliga aufsteigen und schloss die anschließende Saison auf einem guten Mittelfeldplatz ab. Allerdings musste man im darauf folgenden Jahr schon wieder absteigen.

Preußen wurde wiederum zwei mal Meister in der Westfalen-Oberliga, konnte sich aber beide Male in den Aufstiegsspielen nicht durchsetzen. Im Jahre 1994 wurde die Regionalliga neu gegründet und die Münsteraner konnten sich hierfür qualifizieren. Im Jahr 2000 wiederum wurde die zweigleisige Regionalliga ins Leben gerufen, aus der man ausgerechnet zum 100 sten Geburtstag abstieg. Heute spielt der Club in der jetzt viertklassigen Regionalliga West.

Im Jahre 1994 errang Preußen Münster die Deutsche Amateurmeisterschaft.

Die Heimspiele werden im über 18 000 Zuschauer fassenden Preußenstadion, das an der vierspurigen Hammer Straße liegt, ausgetragen. Die Farben des Vereins sind Schwarz, Weiß und Grün, während das Wappentier ein Adler ist.